新企業所得稅納稅申報表重新明確了《國家稅務總局關于工會經費稅前扣除問題的通知》（國稅函〔2000〕678號）中所稱每月全部職工工資，是指按稅收規定允許稅前扣除的工資額。該數額是允許稅前扣除的工會經費的計算基數，未提供繳納工會經費專用繳款收據的，計提的工會經費全額納稅調增。這與當前主流媒體就工會費的計提基數的解釋有些沖突，如有觀點依據《工會法》第四十二條規定“工會經費的來源包括：（一）工會會員繳納的會費；（二）建立工會組織的企業、事業單位、機關按每月全部職工工資總額的2%向工會撥繳的經費；”《立法法》第七十九條第一款規定，法律的效力高于行政法規、地方性法規、規章，《工會法》是由全國人大常委會通過的法律，而《企業所得稅暫行條例》是由國務院制定的行政法規，前者是上位法，后者是下位法，因此當兩者發生沖突時，應適用上位法，即按工資總額的2%在稅前扣除工會經費。2005年1月21日，中華全國總工會和國家稅務總局聯合下發了《關于進一步加強工會經費稅前扣除管理的通知》（總工發〔2005〕9號），對工會經費的稅前扣除作了進一步明確：凡依法建立工會組織的企業、事業單位以及其他組織，每月按照全部職工工資總額的2%向工會撥繳工會經費，并憑工會組織開具的工會經費撥繳款專用收據在稅前扣除。工資總額按照國家統計局《關于工資總額組成的規定》（1990年第1號令）頒布的標準執行，工資總額組成范圍內的各種獎金、津貼和補貼等，均計算在內。但總局[2006]56號文新的申報表重又強調按稅收規定允許稅前扣除的工資額，在聯合發文尚未作廢之時，是否是有文件打架之嫌？有待總局進一步明確。
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